Antik adı ‘Kisthene’dir. Yerleşim merkezinin kuzeyinde,  deniz kıyısında, Eski Tunç Çağı’ndan itibaren kesintisiz yerleşilmiş Kızçiftliği Höyüğü vardır. Buradan çıkan seramik malzeme, ilçenin MÖ. 1200’den itibaren Ege Adaları ve Batı Ege Kıyıları ile sıkı ticari ilişkide olduğunu anlatmaktadır. İlçe merkezi, 16. Yüzyılda Ballıbahçe mevkiinde Ağaköy adıyla ile kurulmuş, daha sonra bu günkü  yerine  taşınarak Emrutabat adını almıştır.   Emrutabat adı zamanla Armutova’ya dönüşmüştür. Merkezde arıcılık yapıldığından, merkeze bal peteği  anlamına gelen “Gömeç” adı verilmiştir. Gömeç adı bucak merkezi, Armutova ise tüm bucağın adı olarak kullanılmıştır.   Gömeç İlçesi, 09.05.1990 tarih ve 3644 sayılı Kanunla kurulmuş, 16.08.1991 tarihinde ilk Kaymakamın göreve başlamasıyla  fiilen ilçe haline gelmiştir. Gömeç Belediyesi, 1913 yılında kurulmuş, 1928 yılında kaldırılmıştır. Daha sonra 16.12.1956 tarihli müşterek kararname ile tekrar kurulmuş, 1956 yılında faaliyete geçmiştir. İlçemize bağlı Karaağaç Belediyesi 06.11.1991 yılında 91/ 138727 Sayılı Müşterek Kararname ile kurulmuş ve 06.07.1992 yılında faaliyete geçmiştir.